Jökulsárlón er lón við rætur Breiðamerkurjökuls. Jökulsá á Breiðamerkursandi rennur úr því. Samkvæmt nýlegum mælingum er Jökulsárlón dýpsta vatn á Íslandi. Þar með er vatnið orðið dýpra en Öskjuvatn, sem áður var dýpsta vatn Íslands. Öskjuvatn er 220 metrar á dýpt en að sögn Einars B. Einarssonar, sem rekur bátaþjónustu fyrir ferðamenn á svæðinu, mældist dýpið í Jökulsárlóni 248 metrar niður á botn.

Jökulsárlón er ungt lón og hefur myndast eftir að Breiðamerkurjökull tók að hopa eftir 1933. Áður rann áin beint undan jökli og til sjávar. Breiðamerkursandur var fyrr á öldum töluvert breiðari en hann er nú; bæði hefur sjór brotið af honum og einnig náði jökullinn skemmra fram á sandinn. Þegar Eggert Ólafsson og Bjarni Pálsson fóru um sandinn 1756 töldu þeir um eina danska mílu (7,5 km) milli jökuls og sjávar. Á næstu áratugum skreið jökullinn mjög fram og þegar Sveinn Pálsson fór um sandinn 1794 taldi hann aðeins um 2 km milli jökuls og sjávar. Þegar jökullinn skreið fram hefur hann líklega grafið sig djúpt ofan í gljúp jarðlög og þegar hann fór að hopa aftur á 4. áratug 20. aldar myndaðist lón þar sem hann hafði grafið sig niður.